Architecture génomique des interactions hôte-pathogène chez les enfants Africains atteints de malaria

 

Philip Awadalla

Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine

 

Domaine : Génétique humaine

Programme chercheurs-boursiers - Junior 2

Concours 2013-2014

L'interaction de l'environnement et des facteurs génétiques associés aux traits quantitatifs (TQ) est peu connue. Bien que les variants rares non détectés aient été désignés comme contribuant à l'héritabilité manquante associée à de nombreuses maladies et traits, il est possible que des interactions subtiles entre les loci qui sont sous le seuil de détection soient fréquentes, et leur expression peut être modulée de façon spécifique par l'environnement. L'impact des interactions gènes-environnement est directement lié au développement de nombreux désordres dans les populations vieillissantes, entre autres, l'obésité, les maladies cardiovasculaires, ou encore des troubles dont le patrimoine génétique est connu, mais qui présentent une grande variabilité des symptômes cliniques comme l'anémie falciforme. L'environnement peut aussi être responsable d'expositions à des maladies infectieuses tel que le Plasmodium falciparum. Ici encore, on observe une variabilité importante des symptômes du paludisme chez les jeunes enfants. Peu est connu sur la variation naturelle dans la dynamique des réponses transcriptionnelles et traductionnelles, ou sur la modération des facteurs génétiques et environnementaux.

Mon programme de recherche a mis en place un groupe de recherche qui développe des approches statistiques épidémiologiques et biomédicales modernes à partir de données de cohortes et sur différentes maladies humaines. Dans le cadre du projet ici présenté, nous décrirons deux projets principaux, pour lesquels nous avons des financements externes et des résultats préliminaires, ainsi que ma proposition pour les recherches futures :

  1. quantifier les facteurs génétiques et environnementaux associés à l'infection par la malaria en utilisant le séquençage de l'ARN afin d'obtenir des mesures d'expression allélique;
  2. utiliser des méthodes similaires afin de quantifier les contributions génétiques et environnementales aux interactions épidémiologiques entre et au sein de populations du Québec, en se focalisant sur les endophénotypes associés aux traits cardiométaboliques.