Les membres du Fonds de recherche du Québec – Santé (FRQS) sont nommés par le Conseil des ministres du gouvernement du Québec. La composition du conseil d'administration reflète la vocation du FRQS et s'inscrit dans l'équilibre souhaité entre les différents domaines scientifiques, les institutions, les régions ainsi que la représentation hommes-femmes. Elle traduit également la volonté du FRQS de répondre adéquatement à l'ensemble des mandats de sa mission : le soutien à la recherche, à la formation des chercheurs et à la mobilisation des connaissances, et l'établissement de partenariats.


Le conseil d'administration du FRQS tient au moins quatre séances par année. Les dates de ces séances sont affichées dans le calendrier d'événements.