L'integration de la bioinformatique structurelle et la biologie des systèmes dans la recherche de nouvelles antibiotiques ciblant C. difficile

 

Rafael Najmanovich

Université de Sherbrooke

 

Domaine : maladies infectieuses et immunitaires

Programme chercheurs-boursiers - Junior 2

Concours 2016-2017

C. difficile est une bactérie formant des spores qui cause la diarrhée et la colite. Infections à C. difficile (ICD) sont d'une importance particulière dans les milieux de soins de santé lors de l'épuisement de la flore intestinale après l'administration d'antibiotiques. ICD peut être mortelle pour les personnes âgées ainsi que ceux avec d'autres maladies et sont un fardeau important pour le système de soins de santé. Un problème majeur dans la lutte contre infections à C. difficile est la résistance des spores à la chaleur et d'autres traitements. Une protéine particulière dans le C. difficile joue un rôle fondamental dans la germination des spores. Sans cette protéine les spores de C. difficile prennent beaucoup plus de temps à germer. Le but de cette recherche est d'employer de méthodes informatiques pour détecter des inhibiteurs de cette protéine ainsi que d'autres protéines qui pourraient représenter des nouvelles cibles thérapeutiques potentielles pour des futurs antibiotiques.

Nos méthodes de calcul ont pour but d'identifier des molécules qui se lient fortement à ces protéines, en même temps qu'ils n'interagissent pas avec les protéines dans d'autres bactéries qui sont présentes dans la flore intestinale saine, ainsi que des protéines humaines.

La prévention de la liaison à d'autres protéines permet à ce que dans le même temps que nous combattons une ICD, nous ne préviennent pas le rétablissement de la flore microbienne intestinale saine ou provoque des effets secondaires dans les cellules humaines. Toutes les molécules qui seront identifiées de façon informatique seront validés expérimentalement, au niveaux moléculaire, dans des essais de germination et croissance ainsi que dans des modèles de souris des infections à C. difficile.

L'intégration des méthodes informatiques et expérimentales se situe à la pointe de la recherche biologique et nous aide à intégrer nos connaissances de la biologie de C. difficile.